Criado em 1960, o Instituto de Antropologia (IA) começou a funcionar em 1962 em imóvel alugado, no número 961 da avenida Hermes da Fonseca, principal via de acesso à capital potiguar. Dois anos mais tarde, no entanto, o IA ganhou um terreno para construir sua própria sede, doado pela Sociedade de Assistência aos Filhos de Lázaro, por iniciativa de seu presidente, Dr. Valera Santiago.

A nova sede, cujo projeto é do arquiteto Manoel Coelho da Silva, foi construída em duas etapas. Em 1969 foi inaugurado um grande pavilhão de 1.668 m² com fachada dando diretamente para a avenida Hermes da Fonseca e vocação para abrigar o museu da instituição. Em 1971 foram inaugurados outros pavilhões por trás do primeiro, para abrigar reservas técnicas, laboratórios, salas de aula, espaços administrativos e alojamentos para pesquisadores. Em 1973, com o fim das atividades do IA, todo o complexo se tornou o Museu Câmara Cascudo (MCC) que conhecemos hoje.

Em sua configuração original, a sede do MCC é exemplo da arquitetura modernista no Rio Grande do Norte, apresentando uma fachada característica desse estilo, com linhas retas, “janelas em fita”, grandes superfícies em vidro, cobogós e marquise em concreto. A planta do Pavilhão Expositivo reflete as concepções acadêmicas da época, apresentando várias salas separadas por campos de conhecimento, sem diálogo entre estes.

No início da década de 2010, por ocasião de uma grande reforma no Pavilhão Expositivo, a entrada principal foi deslocada para a lateral do edifício, modificando-se completamente o aspecto da fachada original, que perdeu as janelas em fita e a marquise em concreto. Também foram iniciadas mudanças nos espaços internos, buscando-se substituir o sistema de salas estanques por espaços que facilitem a interdisciplinaridade.