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As coleções paleontológicas do MCC possuem sua origem na coleção de Geologia e Paleontologia do Quaternário do extinto Instituto de Antropologia e encontram-se classificadas da seguinte forma:

  1. Coleção Onofre Lopes – Vertebrados
  2. Coleção Vingt-Un Rosado – Fósseis da Bacia Potiguar
  3. Coleção Antônio Campos – Amostras de rochas
  4. Icnologia – Vestígios de evidências de ações de organismos em geral
  5. Malacologia– Conchas
  6. Anatomia Comparada – Vertebrados